尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵发明出来，循环往复的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“事实”终究是真是假，尼奥不得不再次做出选择……