尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵发明出来，循环往复的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“事实”终究是真是假，尼奥不得不再次做出选择……

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从外部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于苏醒，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个中央由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的状况，在守护天使的率领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗

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