宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以剧烈的手腕加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一同與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...

在奥内米斯王国里，有一支本应担任宇宙探险飞行的军队——王立宇宙军。但由于种种要素，他们一直只是一支无所作为的军队，甚至被其他军队视为废物。原本安于现状，只是在军队中混日子的年轻士官希洛兹，与美丽的少女莉库妮邂逅，被她的单纯与忠诚所吸引，逐渐末尾改动自己的人生态度——成为第一个探求宇宙的人，让“王立宇宙军”成为名副其实的宇宙探求者。

新宿的夜晚，城市的灯火的人群中，当麻匆匆地奔跑着。“为什么？为什么又发生这种事呢？难道又要我做什么吗？”当麻疲惫地靠在拥挤的电梯中，无法忘怀的往事，一幕幕一呈现在他心头。一本流传于江户年间、内容却是他们五人的经历的剧本，使他们无法再以过去的理念安慰自己。过去的，并不能真正过去；该来的，终于来到他们面前。 一个数百年无法解脱于怨念的凄怨灵魂——铃系，一本神秘可怕的小册子，拉开了《message》阴郁