游城十代在前往决斗学院实技检验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中取得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的微妙集团出现了，它的目的是攫取被封印在决斗学院地底遗址中拥有消灭世界力气的三幻魔。游城十代及大德寺教员等人被选为遗址的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人不测发现大德寺教员也是七星的成员之一，十代打败大德寺教员，彻底挫败了七星的阴谋，并失掉贤者之石的卡片。三幻魔事情

本作设定在第一部剧情终了八到十年之后的世界中展开，讲述少年游城十代报名参与决斗学院考试，并在学院学习生活中发作的一连串故事。