随着战争的到来而走向近代化的木叶忍者村高楼林立，庞大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但普通民众也增多，忍者的生活方式也在逐渐改动的这个时代——村子的首领，第七代火影·漩涡鸣人的儿子博人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的先生们带着“火影的儿子”这样成见的目光看待博人，但博人仰仗天生的破天荒性情将这种大事轻松越过！博人与新的同伴相遇，他将如何应战突...

 火影剧场版2007《鸣人之死》幽灵军团的黄泉（中村秀利配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三配音），希望以此建立黑暗的千年王国魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍